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IBM超级计算机投身肿瘤基因组研究

     IBM公司与纽约基因组研究中心(New York Genome Center;下简称NYGC)于日前宣布建立伙伴关系,双方在医学领域展开合作,联手对沃森(Watson)进行测试,判定其能否对癌症患者的基因组进行筛选,进而帮助医生挑选药物。
     筛选从小处着手,以25个胶质母细胞瘤病例作为切入点。胶质母细胞瘤是一种罕见的脑癌,致命率极高。在不予治疗的情况下,存活期的中位数只有几个月,手术、药物和放疗仅能将这个期限延长约一年。
每位患者的肿瘤都将使用由Illumina公司制造的仪器进行测序,同时患者自己的基因组也将得到测序。两项检测将完成相互对照,所得差异列表被发送给沃森。NYGC还将研究这些基因转录所得的RNA——可将其想象成一个信使,将细胞核内的遗传信息携带到细胞核外。有时候,科学家可以从RNA身上找到单独研究DNA无法找到的治疗方案。
     沃森正在着手解决的问题是DNA序列数据处理中最艰难也最耗时的部分:梳理科学出版物,找出涉嫌导致癌症的基因所产生蛋白质的作用。目前此类工作是由科学家完成的,它既耗时又成本高。最近的一项研究显示,分析一个基因组的成本为17,000美元。任何时间或成本上的节约都将使DNA测序的应用变得更符合成本效益。沃森曾在智力竞赛节目《危险边缘》(Jeopardy)中夺魁的计算机 ,而这在很多方面都与学习回答《危险边缘》问题的过程类似。
     在基因组学领域的努力也是如此。使用沃森在这里是非常可行的,但早期试验必须提供惊艳的结果,才能证明沃森可以帮助医生为癌症患者挑选更好的药物。就连"沃森正在帮助医生找到他们没有想到的治疗方案"这样的传闻证据也可能受到肿瘤学家的欢迎。但没有对照组。沃森将需要更多的数据来学习,以帮助癌症遗传学家,而癌症遗传学家将需要更多的数据来说服肿瘤学家,让他们相信计算机可以提供帮助。它将由此改变未来几十年的癌症治疗,但要使得用于癌症筛查的DNA测序费用走向平民化,这一努力可能是解题关键,但目前仍 有大量的工作要完成,最少需要数年时间。

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    IBM超级计算机投身肿瘤基因组研究

         IBM公司与纽约基因组研究中心(New York Genome Center;下简称NYGC)于日前宣布建立伙伴关系,双方在医学领域展开合作,联手对沃森(Watson)进行测试,判定其能否对癌症患者的基因组进行筛选,进而帮助医生挑选药物。
         筛选从小处着手,以25个胶质母细胞瘤病例作为切入点。胶质母细胞瘤是一种罕见的脑癌,致命率极高。在不予治疗的情况下,存活期的中位数只有几个月,手术、药物和放疗仅能将这个期限延长约一年。
    每位患者的肿瘤都将使用由Illumina公司制造的仪器进行测序,同时患者自己的基因组也将得到测序。两项检测将完成相互对照,所得差异列表被发送给沃森。NYGC还将研究这些基因转录所得的RNA——可将其想象成一个信使,将细胞核内的遗传信息携带到细胞核外。有时候,科学家可以从RNA身上找到单独研究DNA无法找到的治疗方案。
         沃森正在着手解决的问题是DNA序列数据处理中最艰难也最耗时的部分:梳理科学出版物,找出涉嫌导致癌症的基因所产生蛋白质的作用。目前此类工作是由科学家完成的,它既耗时又成本高。最近的一项研究显示,分析一个基因组的成本为17,000美元。任何时间或成本上的节约都将使DNA测序的应用变得更符合成本效益。沃森曾在智力竞赛节目《危险边缘》(Jeopardy)中夺魁的计算机 ,而这在很多方面都与学习回答《危险边缘》问题的过程类似。
         在基因组学领域的努力也是如此。使用沃森在这里是非常可行的,但早期试验必须提供惊艳的结果,才能证明沃森可以帮助医生为癌症患者挑选更好的药物。就连"沃森正在帮助医生找到他们没有想到的治疗方案"这样的传闻证据也可能受到肿瘤学家的欢迎。但没有对照组。沃森将需要更多的数据来学习,以帮助癌症遗传学家,而癌症遗传学家将需要更多的数据来说服肿瘤学家,让他们相信计算机可以提供帮助。它将由此改变未来几十年的癌症治疗,但要使得用于癌症筛查的DNA测序费用走向平民化,这一努力可能是解题关键,但目前仍 有大量的工作要完成,最少需要数年时间。